四角号码检字法，提振了商务印书馆的业务。
在笔谈中，张元济说：“我国四十年多年前就有变法的主张了，效法西方的人也不在少数，可是成效甚微。现在的所谓洋务人才，只知道皮毛而不得精髓，正是因为他们舍本逐末，不能以培养人才为先。”
这番话引起内藤共鸣，内藤在东京见过康有为和梁启超，他评价康：“其人才力有余而识量不足，缺乏沉着态度。又志欲共济一世，而必以学义异同，喜自我标榜、与人辩驳，所以，其事易愤。”他评价梁：“太过自我辩解，攻击西太后动辄涉于猥琐，适见其为人不高而已。”
然而，内藤与张元济的兴趣点不同，内藤关注东南独立，张元济则乐谈启蒙、育才，最后张元济写下本文开头这首诗赠给内藤，两人在互相误读中结束了这次愉快的笔谈。
张元济不会想到，内藤湖南后从新闻转向学术，成为日本汉学重镇。内藤也想不到，张元济会由政入商，成为中国出版第一人。
海上相逢一叶槎，愤谈时事泪交加。
愿君椽笔张公论，半壁东南亦辅车。
——张元济
冉冉升起的政治明星
1867年，张元济生于广州，祖籍浙江海盐，九世祖张惟赤创“涉园”（清初江南著名藏书楼），六世祖张宗松兄弟9人中，6人以藏书著名，可惜张氏一门藏书至嘉庆、道光年间散失严重，“自更洪、杨之役，名园废圮，图籍亦散佚罄尽，而先世所刻书，更无片板存焉”。
张元济之父张森玉靠捐纳入仕，后补实缺，在湖南会同、海南陵水当过知县。14岁时，张元济回原籍准备县试，不久父亲死在任上，张家“布衣蔬食几不给”。
张元济举业顺利，17岁即中秀才，23岁中举人，26岁中进士（据张忠礼先生统计，清末中秀才平均年龄为24岁，中举为30岁，中进士为35岁），入翰林院任庶吉士，与蔡元培同事。蔡与张生于同年，亦同年中举、中进士。
庶吉士在翰林院学习3年后，举行散馆考试，成绩好的留在翰林院任职，成绩差的任官（还需进一步选拔，并等待机会，可能终生得不到任命）。在1894年的考试中，蔡元培名列第31，成功留任，张元济名列第36，转到刑部。2年后，张以第一名的成绩考入总理各国事物衙门，任章京，品级虽不高（六品），实权却相当大。
1897年2月，张元济与陈昭常、张荫棠、何藻翔、曾习经等人集资，创办通艺学堂，以践行“今之自强之道，自以兴学为先”的理想，学堂常驻教习一人，即严复的侄子严君潜。因张身份特殊，张之洞、王文韶都曾资助通艺学堂，王文韶“月助敝馆百金，甚属难得”，所以“开设两年有余，堂中洋文书籍、图画以及仪器等件，亦均小有规模”。
因为不差钱，张元济甚至提出“愿以千金聘一英汉俱通者”来当教习。
差点当上北大首任校长
通艺学堂只有四五十学生，都是官绅子弟，影响极大，一时被视为维新的重要成果。
1898年6月11日，光绪下达《定国事诏》，开启戊戌变法。13日，徐致靖上书保举康有为、梁启超、谭嗣同、黄遵宪、张元济五人，称张“熟于治法，留心学校，办事切实，劳苦不辞”。14日，光绪便在颐和园接见了康有为、张元济。
1949年后，张元济（图）试填过一张干部履历表，在“有何重要社会关系”一栏中，第一个填的就是胡适
对于这次接见，张元济曾多次撰文回忆，但前后说法不统一，康有为曾说“张元济请废翰林院、都察院”，但张元济自称只谈了铁路与通艺学堂的事，并对康的激进主张颇有微辞。
张元济对光绪印象极佳，称光绪性格平和，办事胸有成竹，且对外面的情况极熟悉，张后来撰文称：“有君如此，上下一心，何至酿成庚子之拳乱。即辛亥之革命，亦何尝不可避免。和平改革，勿伤元气，虽不能骤跻强盛，要决不至有今日分崩之祸。”
召见后，张元济曾被任命为京师大学堂总办，但张坚辞，他对变法前景并不看好，在给有人的信中说：“近来举动，毫无步骤，绝非善象。弟恐回力终不久，但不知大小若何耳。”
张元济与康党往来不多，“戊戌六君子中，尤佩服谭复生君（即谭嗣同）”。张曾劝康有为“到粤专办学堂……俟风气大开，新进盈廷，人才蔚起，再图出山，则变法之事，不难迎刃而解”，但康未予理睬。
戊戌变法失败后，张元济自京至沪，主持南洋公学译书院，该院出版书籍均交商务印书馆印刷，因而认识了总经理夏瑞芳。
夏瑞芳出身贫寒，母亲曾为一美国驻沪牧师帮佣，牧师见夏伶俐，便收留了他，并送他到教会学校读书。在学校，夏与鲍咸思、鲍咸昌兄弟和高凤池最要好。毕业后，他们一起到英文报馆当学徒。夏学排版，鲍咸思学刻字，鲍咸昌学排字。
1891年2月11日，4人集资3750元自立门户，夏瑞芳任总经理，初期以承接商业印刷为主，故名商务印书馆，后翻印印度小学英文课本（即《华英初阶》），大受欢迎，以后又译日本新书出版，生意不断扩大。
几乎垄断了教材市场
1901年，在夏瑞芳邀请下，张元济入股商务印书馆。1902年8月，商务印书馆分成三部分，即印刷所、发行所和编译所，前二者负责传统业务，后者抓新业务，交张元济主持。
此前蔡元培辞职南下，也在南洋公学，任特班总教习，且与张元济合办《开先报》（后改名《外交报》），该报亦在商务印书馆印刷。故编译所成立时，蔡亦是主要协助者。
1903年初，南洋公学经费两大来源（轮船局和电报局）均被袁世凯夺走，公学规模骤减，译书院取消，张元济全力从事出版。
1901年，在夏瑞芳邀请下，张元济入股商务印书馆。
1902年至1903年，清政府试行教育改革，力推新式学堂，可规定了学制和课程，却无合适教材，张元济参照日本的中小学课本，请高梦旦、蒋维乔、长尾槇太郎、小谷重等，根据新学制编订，由浅入深，且附有教师用的“教授法”，极为方便，引起轰动。商务生意迅速扩大，几乎垄断了教材市场。
由于商务印书馆的巨大成功，1906年，清政府学部不顾“永不叙用”，调张元济进京，但张3个月后又回上海，后清政府邮传部再调，张拒绝就任。
为争夺教材市场，清政府学部一度准备收回教材编辑权，让严复主持新教材开发，但迁延一年多，只编出一本教材，且不受教师欢迎。
1911年，辛亥革命爆发，陆费逵（陆费是复姓，读如陆必）向张元济建议，应马上推出新教材。
陆费逵是清乾隆时期《四库全书》总校官陆费墀的五世孙，学历虽不高，却眼光敏锐、思想激进， 17岁便与革命党交往，18岁在武昌创办新学界书店并自任经理，19岁担任《楚报》主笔，并因攻击时政而被通缉。
一时疏忽栽了大跟头
张元济极欣赏陆费逵才华，任命其为出版部部长兼《教育杂志》主编、讲义部主任，陆费逵当年只有23岁。
然而，张元济拒绝了陆费逵的建议，蒋维乔说：“彼（指张元济）本有保皇党臭味，提及革命，总是摇头。遂肯定的下断语，以为革命必不能成功，教科书不必改。”
张元济不肯跟进，可能另有原因。
1910年7月，因橡胶业高速发展，许多国际金融公司打着在东南亚种橡胶树的名义在中国招股，引起投资狂潮。
上海租界会审公廨（租界法院）大审官关絅之说：“买进时30两银子一股，买进后股票天天涨，最高涨到每股90多两。”更极端的例子是，蓝格志公司股价竟超票面二十七八倍，达1500余两，票面仅100两银的汇通洋行薛纳王股票涨到一千五六百两。
到了10月，泡沫突然破裂，上海股市濒临毁灭，这被称为“橡胶股灾”，由此引发“四川保路运动”和辛亥革命。
夏瑞芳也参与了投机，致商务印书馆损失上百万资金，只好卖掉房产，仍背负着沉重的债务压力，自然无力开发新教材。
陆费逵一怒之下，私下找到投资人，凑了2.5万元，成立中华书局，很快编订出新版教材，并推向市场。
第一天销售额仅5元，第二天骤增至100元，第三天达600元，到后来，印刷厂新添置了6台机器，却“日间订出，未晚即罄。架上恒无隔宿之书”。因民国成立后，推出《普通教育暂行办法》，明令前清颁行的教科书一律禁用，封面及内文中有黄龙旗图案的教材，亦禁用，商务所有课本均在此范围中。
为应对危局，商务印书馆不得不迅速推出新版教科书，在价格上给出“永远对折”的优惠，此后商务印书馆仅占教材市场60%左右，中华书局则迅速崛起，占到30%左右。
后张謇、马相伯组织中国图书公司，背后是巨商席子佩（清末民初上海报业四大金刚之一，曾是《申报》老板），也想进入教材市场，但夏瑞芳派人暗中购买其股票，再登报低价抛售，致其股票大跌，席子佩将商务告上法庭，1914年，中国图书公司不得不宣告破产，由商务接手。
胡适推荐了自己的老师
1915年，新文化运动兴起，《新青年》《新潮》杂志风靡一时，商务印书馆的《东方杂志》等销路下滑，张元济被视为落伍者，他自己也承认：“时势变迁，吾辈脑筋陈腐，亦应归于淘汰。”
其实，张元济早想趋新，但当时商务印书馆内部情况复杂，分为两派：一是“教会派”，是创业元老和他们的亲属，以高凤池、鲍咸昌为代表，均为教徒，文化程度不高，把持着印刷所、发行所；另一是“书生派”，或来自各大院校，或是留学生，或是商务印书馆自办培训学校的毕业生，内部也分不同山头，比如国文部是清一色常州人，杜亚泉主持的理化部则被称为“绍兴帮”，文学研究会的骨干成员也都在商务印书馆。
山头多，则年轻人压力大、升迁慢，且管理上采取“合议制”，印刷部、发行部、编译所不相统属，凡事只能开会协商，造成责权不明，人浮于事，效率低下。名编辑杨端六说：“现在馆中事权不统一，馆中无人懂得商业，无人能通盘筹算，无人有权管得住全部。”
夏瑞芳在时，运转尚称流畅。1913年，陈其美发动讨袁战争，但4次攻击均告失败，为防战争扰乱闸北，夏瑞芳等17名商界领袖请求租界管理方出面，派兵将陈的讨袁军司令部驱走。陈其美大怒，派人于1914年1月将夏瑞芳暗杀。
夏瑞芳死后，高凤池与张元济各做各的，张说：“公（指高凤池）主张用老人，弟主张用少年人；公主张用平素相识之人，弟以为范围太狭，宜不论识与不识，但取其已有之经验试之。”
1915年到1920年5年间，二人争执不下。1920年，张元济提出辞职，董事会只好让高凤池、张元济一起退出管理，改任监理，而张元济物色的继任总经理是胡适。
胡适推脱不过，同意去编译所考察一番。抵沪当天，张元济亲自去车站接，通过调查，胡适写了一份改革商务工作的报告，计40余页，约万余字，并对张元济说：“我是三十岁的人，不应该放弃自己的事，去办那完全为人的事。”郑重推荐自己的老师王云五来担纲。
“科学管理”方法还真有效
王云五先在编译所任副所长，发明了四角号码检字法，提振了商务印书馆的业务。1930年2月，董事会欲聘他任总经理，王提出两个先决条件：“一是取消现行的总务处合议制，改由总经理独任制，经协理及所长各尽其协助之责；二是我接任总经理后，即时出国考察并研究科学管理，为期半年，然后归国实行负责。”
王云五上任后，去了9个国家，参观了50余家企业，完成数十万字的考察笔记，回国后开始力推“科学管理方法”。
商务印书馆出版的著名杂志《小说月报》
1932年，淞沪抗战爆发，日军飞机将商务印书馆炸毁，物质资产损失达80%，多年收集起来的数十万册珍贵古籍亦化为灰烬，张元济想从此退出商务，但“敌人把我打倒，我不力图再起，这是一个怯弱者”。王云五亦一夜间须发皆白，其年才45岁。
1932年商务印书馆出版数量不足全国6%，到1934年，却增长到45%，1936年更达52%，体现出“科学管理方法”的效果。
1937年时，张元济已70岁，不得不留在上海维持局面，因无收入来源，张只好鬻字生活，以“戊戌党锢最后的幸存者”为招牌，蒋维乔曾给他介绍过一些“客户”。王云五则辗转到重庆，让商务印书馆再度复兴，被视为奇迹。
1940年，张元济秘密到香港去见王云五，而王云五却从没去过上海，有学者认为，二人之间关系此时已有不协。抗战结束后，因人事任免等问题，张元济与王云五发生争议，1946年，王云五辞职，出任国民政府经济部部长。
因全部教科书编辑出版权被垄断到政府主办的正中书局，商务只能承印，致经营困难，张元济请胡适当总经理，胡适不愿去，推荐了朱经农，但朱经农不擅经营。1947年，张元济不得不写信给胡适，请他代售馆藏的善本，“以疗商务目前之贫”。
孙中山说他是保皇党之余孽
自被清廷解职后，张元济对仕途失去兴趣，1913年，北洋政府总理熊希龄邀张元济任教育总长，张称：“自维庸劣，终不敢误我良友、误我国家，并误我可畏之后生。”
1919年4月，孙中山托人将新完成的《孙文学说》一部分手稿交给商务，希望出版，张元济反复犹豫后，决定退回，后来孙曾发文说：“我国印刷机关，惟商务印书馆号称宏大，而其在营业上有垄断性质，固无论矣，且为保皇党之余孽所把持。”
1948年3月，中央研究院选举确定首批81名院士，其中人文组院士只有28人，钱穆、刘文典等都未能列入，但在胡适的坚持下，张元济成功当选。在院士大会上，蒋介石与会，张因年长被安排最先发言，张却称：“我们要保全我们的国家，要和平；我们要复兴我们的民族，要和平；我们为国家要研究种种学术，更要和平。”对国民党提出批评，舆论一片哗然。
会后，胡适用汽车送张元济回家，说：“今日是中央研究院的喜事，你的演讲多少有点扫兴啊。”
张元济此时对国民党颇觉不满，写了许多讽刺诗，如：“曹家校尉称能手，只向丘坟去摸金。市上道旁好搜括，古人毕竟不如今。”对禁止私人持有黄金、外币的政策表示不满，但张元济对胡适评价始终较高。
1949年后，张试填过一张干部履历表，在“有何重要社会关系”一栏中，第一个填的就是胡适，称：“初见其文字勇于提倡白话文，居亲丧不为习俗所诱。余颇重其为人……解放前将去美，勖以研究学术，异日回国，仍可有所匡助。”但50年代正式填表时，已无这些话。
为嫁女儿只好借钱
张元济有一女一子，其子张树年著有《我的父亲张元济》等，为人所熟知，可在张元济的文章中，极少提到女儿张树敏，令人颇觉奇怪。
张元济曾多方为女儿寻找夫婿，“五四”时，罗家伦在杂志上批评商务印书馆，张元济不以为忤。罗出国留学后，因钱不够，向蔡元培求助，蔡转求张，张匿名资助了罗，并请蔡从中做媒，但罗家伦持新伦理，坚持“无论与何人订婚，皆愿与订婚前有半年以上之友谊”，此事遂罢，但张元济仍为罗提供支持。
回国后，罗家伦始知是张元济帮助他，几次还钱，张坚持“朋友有通财之义，况当患难之时”，不愿接受，最后勉强接受了两笔。
据张树年说，姐姐张树敏“自称独身主义者……直到30岁时，她认识了留法学医的孙逵方”。
1933年，张元济嫁女，此时商务印书馆被炸不久，他又遭土匪绑票，经济上较窘迫，女儿却坚持嫁妆中要有冰箱和汽车，在当时是一笔巨款，张只能东拼西凑，勉强完成。
据张树年说，孙逵方医术不高，张元济夫人患病，孙始终诊断不出来，拖了很久，换了几个医生才诊断出是癌症，但已错过手术时机。
抗战期间，孙逵方夫妇在重庆，张元济孙女张珑曾撰文说，抗战胜利后，“姑父孙逵方回到上海时染上了一身不可一世的气焰”，为霸占潘世兹的房子，“驱车直抵潘氏住宅，恰逢潘世兹出来，一介书生不及避让，竟遭孙氏的两记耳光”。
1949年初，孙逵方夫妇去了法国，1952年11月，张元济在《干部履历表中》，在家庭主要成员中，没有提及女儿一家。据张珑说，上世纪60年代，孙逵方死于车祸，张树敏晚年在养老院度过。
1949年，张元济中风卧床，10年后去世，终年93岁。据友人说，张元济晚年曾写信给女儿，但在《张元济全集》中却找不到任何相关信息。
“文革”中，张元济的墓碑被砸，墓也遭破坏，张树年收其骨灰藏于海盐县武原镇范家场，后海盐旧城改造，又涉及迁葬问题，张树年表示：“入土为安，不要再迁葬了。”
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